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Research Highlights

SARST- 目前蛋白質結構之資訊量已接近指數型成長，因此，人們需要更快速而準確的工具來進行比對搜尋。我們發展了一個高效能的工具 SARST (Structural similarity search Aided by Ramachandran Sequential Transformation)。SARST 透過一張經最近鄰居法分群整理好的 Ramachandran map 來把蛋白質立體結構資訊編碼成純文字字串，並使用繼代式策略來製作合適的評分表。最後，利用傳統的序列比對搜尋方法來執行結構比對搜尋。SARST 的準確率相近於「組合延展法(CE)」，速度卻有二十四萬多倍快。在使用單顆 3.2GHz CPU 之條件下，它能於 0.34 秒內掃描完三萬四千筆蛋白質結構。SARST 有網路服務與單機版本開放大眾使用，網址是 http://sarst.life.nthu.edu.tw/

 

CPSARST- 蛋白質的環形序列重組(Circular permutation, or CP)可看作是原來的N與C端被接在一起，然後在另一處產生新開口。目前已有許多資料顯示，無論是自然發生或人為創造的CP，立體結構與生物活性通常都有相當高的保留性。雖然當前已有很多知名的蛋白質家族被發現有CP成員，而且也有研究指出蛋白質結構資料庫中可能存在著不少CP實例，高效率的CP搜尋工具卻很罕見。我們發展了一套有效的CP搜尋工具CPSARST (Circular Permutation Search Aided by Ramachandran Sequential Transformation)。在這個蛋白質結構資訊爆炸性成長的後基因體時代，它提供了一個新方法來快速偵測蛋白質之間的特殊結構關係，網址是 http://sarst.life.nthu.edu.tw/cpsarst/

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